Dopo essere diventata un feudo della famiglia Fieschi nel XIII secolo passò sotto il controllo genovese. E così fu fino alla fine del Settecento. Il 18 luglio del 1798 il borgo era ancora diviso in due borgate autonome: Corte che si trovava davanti alla zona portuale e Pescino sul fianco a mare della chiesa parrocchiale, lungo la spiaggia di Ghiaia, divise dalla collina.
Ebbene quel giorno si installarono a Pescino i Municipalisti che presiedettero il Cantone di Santa Margherita e il Cantone di San Giacomo, due cantoni che fra loro furono, spesso, in aspre rivalità.
Il 22 dicembre 1812, Napoleone, con un decreto imperiale unì definitivamente Santa Margherita e San Giacomo in un solo comune che portava il suo augusto nome: Porto Napoleone, ma dopo la caduta dell’impero si insediò a Genova il governatore e i singoli comuni furono affidati ad amministrazioni provvisorie.
Nel 1818 per volontà del governatore, sorse la città di Santa Margherita di Rapallo, guidata da un Consiglio degli Anziani, capeggiati da Gerolamo Costaguta.
Dopo 45 anni sarà Vittorio Emanuele II a decretare definitivamente il nome di Santa Margherita Ligure nel 1863.
